COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 8.110946 2.255290 2.141817
2021-06-23 17:00:00 1.909140 1.909140 2.196990
2021-06-22 17:00:00 1.718991 1.718991 2.219980
2021-06-21 17:00:00 2.278901 2.278901 2.315835
2021-06-20 17:00:00 2.231679 2.231679 2.402531
2021-06-19 17:00:00 2.156796 2.156796 2.483018
2021-06-18 17:00:00 2.318952 2.318952 2.579208

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 3.956479 3.956479 2.331520
2021-06-23 17:00:00 1.792115 1.792115 2.343301
2021-06-22 17:00:00 1.160714 1.160714 2.341010
2021-06-21 17:00:00 2.512563 2.240143 2.355151
2021-06-20 17:00:00 1.749838 2.538787 2.320385
2021-06-19 17:00:00 1.715686 3.136201 2.337959
2021-06-18 17:00:00 1.781896 1.781896 2.363371

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 9.210526 9.210526 6.226682
2021-06-23 17:00:00 4.109589 4.109589 6.281613
2021-06-22 17:00:00 5.306122 4.482759 6.481324
2021-06-21 17:00:00 4.878049 1.388889 6.254489
2021-06-20 17:00:00 13.235294 13.235294 6.398809
2021-06-19 17:00:00 4.391892 4.391892 6.303575
2021-06-18 17:00:00 4.861111 4.861111 6.444627

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 1.342883 1.342883 2.069345
2021-06-23 17:00:00 2.626421 2.999105 2.166121
2021-06-22 17:00:00 0.714586 0.714586 2.193168
2021-06-21 17:00:00 2.247191 0.920387 2.292725
2021-06-20 17:00:00 3.716449 2.498265 2.398708
2021-06-19 17:00:00 4.946524 2.941176 2.521173
2021-06-18 17:00:00 3.543488 3.543488 2.629867

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 7.881773 7.881773 8.291352
2021-06-23 17:00:00 7.580979 7.580979 8.615021
2021-06-22 17:00:00 7.574537 7.574537 8.919866
2021-06-21 17:00:00 12.449799 44.176707 9.163584
2021-06-20 17:00:00 9.658422 9.658422 8.549757
2021-06-19 17:00:00 6.414398 6.414398 7.611803
2021-06-18 17:00:00 4.881387 4.881387 6.811897

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 4.828974 4.828974 4.606063
2021-06-23 17:00:00 3.260225 3.260225 4.621361
2021-06-22 17:00:00 2.591284 2.591284 4.510342
2021-06-21 17:00:00 9.782609 5.432596 4.848373
2021-06-20 17:00:00 6.013180 6.013180 5.117289
2021-06-19 17:00:00 6.296547 6.296547 5.317004
2021-06-18 17:00:00 4.637492 4.637492 5.620787

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 -0.068666 2.411963 1.343831
2021-06-23 17:00:00 0.903614 0.903614 1.412686
2021-06-22 17:00:00 1.473477 1.473477 1.412032
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.196464 1.375870
2021-06-20 17:00:00 0.608167 0.608167 1.377009
2021-06-19 17:00:00 0.918555 1.473477 1.451517
2021-06-18 17:00:00 2.180095 2.180095 1.498476

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 2.784156 2.784156 2.860249
2021-06-23 17:00:00 2.898984 2.898984 2.941939
2021-06-22 17:00:00 2.191294 2.191294 2.972612
2021-06-21 17:00:00 3.347478 3.347478 3.000186
2021-06-20 17:00:00 2.375131 2.375131 3.073176
2021-06-19 17:00:00 2.594400 2.594400 3.173748
2021-06-18 17:00:00 4.603821 4.603821 3.279767

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 0.328407 0.817996 1.177893
2021-06-23 17:00:00 0.200401 0.807754 1.248640
2021-06-22 17:00:00 0.775795 0.775795 1.243661
2021-06-21 17:00:00 1.109570 1.109570 1.256045
2021-06-20 17:00:00 1.453958 1.453958 1.250473
2021-06-19 17:00:00 7.909605 7.909605 1.272943
2021-06-18 17:00:00 1.545894 1.545894 1.255069

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 1.327737 1.327737 1.189694
2021-06-23 17:00:00 1.179755 1.179755 1.250445
2021-06-22 17:00:00 1.218333 1.218333 1.280243
2021-06-21 17:00:00 1.367606 0.697186 1.278092
2021-06-20 17:00:00 1.154275 1.154275 1.334308
2021-06-19 17:00:00 1.064387 1.537169 1.385990
2021-06-18 17:00:00 0.859793 0.859793 1.446704

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 1.336303 1.336303 1.529937
2021-06-23 17:00:00 1.090909 1.090909 1.595352
2021-06-22 17:00:00 1.818182 1.818182 1.613629
2021-06-21 17:00:00 0.000000 1.441441 1.572371
2021-06-20 17:00:00 1.547988 1.547988 1.646400
2021-06-19 17:00:00 1.357082 1.357082 1.728030
2021-06-18 17:00:00 2.522523 2.522523 1.837718

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 1.829268 1.829268 1.355766
2021-06-23 17:00:00 0.402414 0.402414 1.327185
2021-06-22 17:00:00 0.280899 0.280899 1.425557
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.445168
2021-06-20 17:00:00 2.558635 2.558635 1.444423
2021-06-19 17:00:00 1.763224 1.763224 1.448944
2021-06-18 17:00:00 2.090592 3.287671 1.401801

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 2.439024 2.439024 3.937396
2021-06-23 17:00:00 4.830918 4.830918 4.000204
2021-06-22 17:00:00 1.587302 4.232804 4.077972
2021-06-21 17:00:00 4.545455 1.675978 3.991088
2021-06-20 17:00:00 5.298013 5.298013 4.165746
2021-06-19 17:00:00 4.469274 4.469274 4.563275
2021-06-18 17:00:00 6.428571 6.428571 4.456529

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 0.650407 0.650407 0.821652
2021-06-23 17:00:00 1.369863 1.369863 0.810727
2021-06-22 17:00:00 0.509338 0.509338 0.838434
2021-06-21 17:00:00 1.197605 0.325203 0.826516
2021-06-20 17:00:00 0.521512 0.521512 0.879844
2021-06-19 17:00:00 0.849257 0.849257 0.922991
2021-06-18 17:00:00 1.246106 1.246106 1.052240

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 0.825120 0.825120 1.020784
2021-06-23 17:00:00 1.123348 1.123348 1.063662
2021-06-22 17:00:00 0.837989 0.837989 1.100809
2021-06-21 17:00:00 0.920387 0.920387 1.183696
2021-06-20 17:00:00 0.822499 0.822499 1.242900
2021-06-19 17:00:00 0.876145 1.453744 1.304783
2021-06-18 17:00:00 0.974954 0.974954 1.407106

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 2.277657 2.277657 3.934729
2021-06-23 17:00:00 4.538905 4.538905 4.171679
2021-06-22 17:00:00 3.747454 3.747454 4.532165
2021-06-21 17:00:00 1.660839 1.660839 4.581863
2021-06-20 17:00:00 7.627119 7.627119 4.828281
2021-06-19 17:00:00 5.754717 5.754717 5.182502
2021-06-18 17:00:00 4.746977 4.746977 5.487440

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 0.694143 0.694143 0.571791
2021-06-23 17:00:00 0.834879 0.834879 0.618312
2021-06-22 17:00:00 0.227964 0.227964 0.659465
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.692042 0.743596
2021-06-20 17:00:00 0.812274 0.812274 0.774582
2021-06-19 17:00:00 0.731159 0.731159 0.828670
2021-06-18 17:00:00 0.494743 0.494743 0.879058

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 2.356902 2.356902 3.513388
2021-06-23 17:00:00 3.938185 3.938185 3.500482
2021-06-22 17:00:00 2.378398 2.378398 3.524526
2021-06-21 17:00:00 3.591044 3.591044 3.629112
2021-06-20 17:00:00 5.308691 5.308691 3.747267
2021-06-19 17:00:00 4.144960 4.144960 3.897575
2021-06-18 17:00:00 4.855755 4.855755 4.031128

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 1.407365 1.407365 1.221231
2021-06-23 17:00:00 1.082720 1.082720 1.274401
2021-06-22 17:00:00 0.519967 1.216722 1.273655
2021-06-21 17:00:00 2.304147 0.935940 1.301480
2021-06-20 17:00:00 1.380176 1.380176 1.370694
2021-06-19 17:00:00 1.347240 1.347240 1.467984
2021-06-18 17:00:00 1.329629 1.329629 1.562929

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 1.927195 1.927195 2.391010
2021-06-23 17:00:00 2.152080 3.211991 2.412391
2021-06-22 17:00:00 1.400000 1.400000 2.513120
2021-06-21 17:00:00 1.428571 1.428571 2.547040
2021-06-20 17:00:00 6.699752 2.853598 2.588470
2021-06-19 17:00:00 1.980198 1.980198 2.723201
2021-06-18 17:00:00 3.178484 3.178484 2.784168

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 1.769912 1.769912 1.547157
2021-06-23 17:00:00 1.030928 1.030928 1.537898
2021-06-22 17:00:00 0.961538 0.961538 1.574784
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.594430
2021-06-20 17:00:00 1.951220 1.951220 1.559050
2021-06-19 17:00:00 1.657459 1.657459 1.563428
2021-06-18 17:00:00 1.428571 1.428571 1.618441

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-24 17:00:00 1.902174 1.902174 2.727126
2021-06-23 17:00:00 2.323376 2.323376 2.819373
2021-06-22 17:00:00 4.109589 4.109589 2.929974
2021-06-21 17:00:00 0.778210 0.778210 3.124363
2021-06-20 17:00:00 1.893664 1.893664 3.346761
2021-06-19 17:00:00 3.393798 3.393798 3.523191
2021-06-18 17:00:00 3.638201 3.638201 3.741068

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.956479 3.956479 2.331520
Basilicata 9.210526 9.210526 6.226682
Calabria 1.342883 1.342883 2.069345
Campania 7.881773 7.881773 8.291352
Emilia-Romagna 4.828974 4.828974 4.606063
Friuli Venezia Giulia -0.068666 2.411963 1.343831
Lazio 2.784156 2.784156 2.860249
Liguria 0.328407 0.817996 1.177893
Lombardia 1.327737 1.327737 1.189694
Marche 1.336303 1.336303 1.529937
Molise 1.829268 1.829268 1.355766
P.A. Bolzano 2.439024 2.439024 3.937396
P.A. Trento 0.650407 0.650407 0.821652
Piemonte 0.825120 0.825120 1.020784
Puglia 2.277657 2.277657 3.934729
Sardegna 0.694143 0.694143 0.571791
Sicilia 2.356902 2.356902 3.513388
Toscana 1.407365 1.407365 1.221231
Umbria 1.927195 1.927195 2.391010
Valle d'Aosta 1.769912 1.769912 1.547157
Veneto 1.902174 1.902174 2.727126

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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